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基本は、IF文を使います。

function myMin_1(){
	var data1;
	var data2;
	var str;

	data1 = prompt("input data1=?","");
	data2 = prompt("input data2=?","");
	if(data1>=data2){
		str ="min="+data2;
	}else{
		str ="min="+data1;
	}
	alert(str);
}

でも、便利なmin関数を使えば、ソースは短くなります。

function myMin_2(){
	var data1;
	var data2;
	var str;

	data1 = prompt("input data1=?","");
	data2 = prompt("input data2=?","");
	str = "min="+Math.min(data1,data2);
	alert(str);
}

２つの数値だからいいですが、３つ以上になったらどうしましょう。
でも、それでも１行でできてしまいます。
min関数を入れ子にしてしまいます。４つの数値の場合です。
Javaでフィッシャーの正確確率検定(前編)というサイトで知りました。こんなこともありなのですね　(＠o＠)

function myMin_3(){
	var data = new Array();;
	var str = "";

	for(i=0;i<4;i++){
		data[i] = prompt("input data["+i+"]=?","");	
	}
	min = Math.min(data[0],Math.min(data[1],Math.min(data[2],data[3])));	
	for(i in data){
		ANS += data[i]+"\n";	
	}
	str = str + "min="+min;
	alert(str);
}

もっと数値が増えたり、数値の数がそのたびに変わるとかしたら・・・。
そんなときは、繰り返しを使います。
データ数が変化しても、大きな修正は必要ありません。

function myMin_4(){
	var data = new Array();;
	var str = "";
	var min;

	for(i=0;i<5;i++){
		data[i] = prompt("input data["+i+"]=?","");	
	}
	min = data[0];
	for(i=1;i<5;i++){
		min = Math.min(min,data[i]);	
	}
	for(i in data){
		str += data[i]+"\n";	
	}
	str = str + "min="+min;
	alert(str);
}

大小を判定するだけでもいろいろな考えがあるものです。
それぞれの特徴を知って、効率よくプログラミングしたいものです。